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Wasserpflanzen wachsen an ihren natürlichen Standorten, den Bächen, Tümpeln und Sümpfen der Tropen, selten großflächig, sondern meist punktuell in mehr oder weniger großen Gruppen. An diesen Stellen finden sich erfahrungsgemäß sogenannte Nährstoffsickerquellen. Das sind Bereiche, an denen langsam aber stetig nährstoff- und CO2-reiches Wasser aus dem Boden quillt. Der Bodengrund selber ist sehr feinkörnig, dicht und humusreich. Rotbraune Beläge an Pflanzenwurzeln zeugen von hohem Eisengehalt, meistens durch Lateriterde.
Eine besondere Bedeutung haben Humusbakterien: Mit Hilfe der produzierten Humusstoffe wandeln sie Mineralnährstoffe in eine Form um, die von den Pflanzen aufgenommen werden kann. So wachsen auf nackten Tropenböden – zum Beispiel an den Rändern neu erbauter Straßen – erst dann wieder Pflanzen, wenn sich eine, wenn auch nur millimeterdünne Humusschicht gebildet hat. Der Bodengrund an Naturstandorten beliebter Aquarienpflanzen wie Cryptocorynen und Echinodorus ist durchweg humusreich.